Nou hier is het CNRS-journaal ontstaan
officieel en serieus de vraag:
https://lejournal.cnrs.fr/articles/la-q ... rieusement"De vraag naar de oorsprong van SARS-CoV-2 komt serieus naar voren"
Bijna een jaar nadat het SARS-CoV-2-coronavirus was geïdentificeerd, hebben onderzoekers nog steeds niet vastgesteld hoe het op mensen kan zijn overgedragen. Viroloog Étienne Decroly inventariseert de verschillende hypothesen, waaronder die van de accidentele ontsnapping uit een laboratorium.
Terwijl we getuige zijn van een race voor de ontwikkeling van vaccins of behandelingen, waarom is het zo belangrijk om de genealogie te kennen van het virus dat de Covid-19-pandemie veroorzaakt?
Étienne Decroly1: SARS-CoV-2, dat al snel werd geïdentificeerd als het virus dat Covid-19 veroorzaakt, is, na SARS-CoV in 2002 en MERS-CoV in 2012, het derde menselijke coronavirus dat verantwoordelijk is voor het ernstige ademhalingssyndroom dat in de loop van de tijd is opgedoken. afgelopen twintig jaar. We kennen nu deze familie van virussen, die voornamelijk in vleermuizen circuleren en waarvan de zoönotische overdracht af en toe epidemieën bij mensen veroorzaakt. Het is daarom van cruciaal belang om te begrijpen hoe dit virus de soortbarrière is gepasseerd en in hoge mate overdraagbaar is geworden van mens op mens. De studie van de evolutiemechanismen en de moleculaire processen die betrokken zijn bij de opkomst van dit pandemische virus is essentieel om ons beter te beschermen tegen de mogelijke opkomst van deze virussen en om therapeutische en vaccinstrategieën te ontwikkelen.
Vanaf de eerste weken van de pandemie, toen we nog niet veel wisten over het virus, werd al snel gewezen op de waarschijnlijke dierlijke oorsprong. Waarom kreeg dit nummer vanaf het begin de voorkeur en is het sindsdien bevestigd?
E. D. De zoönotische oorsprong van coronavirussen, die bijna 500 soorten vleermuizen infecteren, was al goed gedocumenteerd door eerdere opkomsten. In de natuur delen vleermuispopulaties dezelfde grotten, en verschillende virusstammen kunnen dan tegelijkertijd hetzelfde dier infecteren, wat genetische recombinaties tussen virussen en hun evolutie bevordert. Sommige stammen zijn soms in staat om de soortbarrière te overschrijden.
Door de genomische sequenties van virale monsters van verschillende met SARS-CoV-2 geïnfecteerde patiënten te vergelijken, werd een identiteitspercentage van 99,98% waargenomen, wat aantoonde dat deze virale stam zeer recent bij mensen was opgedoken. Ook werd al snel ontdekt dat dit genoom voor 96% identiek was aan dat van een vleermuisvirus (RaTG13) dat in 2013 werd opgevangen uit de ontlasting van het dier en waarvan de sequenties pas sinds de maand maart 2020 bekend zijn. We merkten ook dat een sequentie hiervan genoom was volledig identiek aan een fragment van 370 nucleotiden waarvan de sequentie in 2016 was bepaald uit monsters die in 2013 waren verzameld in een mijn in de provincie Yunnan, waar drie mijnwerkers waren bezweken aan een ernstige longontsteking.
Door de sequenties van andere bekende menselijke coronavirussen te analyseren, wordt bovendien slechts 79% genetische identiteit gevonden tussen SARS-CoV-1 en SARS-CoV-2, en slechts 50% met betrekking tot MERS-CoV. Kortom, SARS-CoV-2 staat genetisch dichter bij virusstammen die tot nu toe alleen tussen vleermuizen werden overgedragen. Het stamt niet af van enige bekende menselijke stam en heeft pas onlangs het vermogen verworven om uit zijn natuurlijke dierlijke reservoir te komen, wat waarschijnlijk de vleermuis is.
Als wordt vastgesteld dat de Covid-19 tot ons komt vanuit de vleermuis, waarom is de oorsprong dan nog steeds onderwerp van controverse?
E. D. Er is tot op heden geen epidemie aangetoond die verband houdt met directe overdracht van vleermuizen op mensen. Aangenomen wordt dat overdracht op mensen plaats moet vinden via een intermediaire gastheersoort waarin de virussen kunnen evolueren en vervolgens kunnen worden geselecteerd tot vormen die in staat zijn de mens te infecteren. cellen. Om deze intermediaire soort te identificeren, onderzoekt men gewoonlijk de fylogenetische relaties tussen het nieuwe virus en die van diersoorten die in de buurt van het gebied van opkomst leven; het is deze methode die het mogelijk maakte vast te stellen dat de civetkat waarschijnlijk de tussengastheer was van SARS-CoV in de vroege jaren 2000, en de dromedaris die van MERS-CoV tien jaar later. De ontdekking in het genoom van coronavirus-infecterende schubdieren van een korte genetische sequentie die codeert voor het herkenningsdomein van de ACE-2-receptor, gerelateerd aan datgene waardoor SARS-CoV-2 menselijke cellen kan binnendringen, heeft een tijd gedacht dat we een mogelijke tussengastheer, maar de rest van zijn genoom is te ver verwijderd van SARS-CoV-2 om een directe voorouder te zijn.
SARS-CoV-2 zou dus het resultaat kunnen zijn van meerdere recombinaties tussen verschillende CoV's die circuleren in schubdieren en vleermuizen, wat zou hebben geleid tot een aanpassing die de overdracht van het virus op mensen mogelijk maakte. De pandemie van Covid-19 zou in de tweede plaats komen door contact met de tussengastheer, mogelijk verkocht op de Wuhan-markt. Deze aanname levert echter veel problemen op. Ten eerste vanwege de geografische ligging: de virale monsters van vleermuizen werden verzameld in Yunnan, bijna 1 km van Wuhan, waar de pandemie uitbrak. Dan om een ecologische reden: vleermuizen en schubdieren evolueren in verschillende ecosystemen en je vraagt je af bij welke gelegenheid hun virussen opnieuw gecombineerd kunnen zijn. En bovenal merken we op dat de mate van identiteit tussen de sequenties van SARS-CoV-500 en die van de pangolin slechts 2% bereikt, wat veel lager is dan de percentages die gewoonlijk worden waargenomen tussen de stammen die mensen infecteren en die de intermediair infecteren. gastheer. Het genoom van SARS-CoV en dat van de civetstam waarvan het afstamt, delen bijvoorbeeld 90,3% identiteit.
Kun je ons meer vertellen over deze celreceptorherkenningssequentie en het mechanisme van het binnendringen van virussen in cellen?
E. D. Hiervoor moeten we teruggaan naar de biologische kenmerken van coronavirussen. Hun genoom bevat een S-gen dat codeert voor het Spike-eiwit, dat deel uitmaakt van de samenstelling van de virusenvelop en coronavirussen hun typische kroonvorm geeft. Het Spike-eiwit speelt een fundamentele rol in de infectiecapaciteit van het virus omdat het een domein bevat, RBD genaamd, dat de eigenschap heeft specifiek te binden aan bepaalde receptoren (ACE2) die zich op het oppervlak van infecteerbare cellen bevinden: dit is de oprichting van dit binding die vervolgens de penetratie van het virus in de cel bevordert. De affiniteit van het RBD-domein voor de ACE2-receptoren van een bepaalde soort is een bepalende factor voor het infectievermogen van het virus van deze soort. Bij mensen wordt deze receptor op grote schaal tot expressie gebracht en wordt bijvoorbeeld aangetroffen op het oppervlak van long- of darmcellen.
Door de coronavirusdatabases te analyseren, was het mogelijk om vast te stellen dat de genetische sequentie die codeert voor het RBD-domein van SARS-CoV-2 heel dicht bij die van het coronavirus lag dat het schubdier infecteerde. Deze waarneming suggereert dat het schubdier-infecterende CoV Spike-eiwit een goede affiniteit heeft voor de menselijke ACE2-receptor, waardoor het schubdiervirus menselijke cellen efficiënter had kunnen infecteren dan het vleermuisvirus. Om de reeds genoemde redenen gelooft een meerderheid van de onderzoekers nu echter dat het schubdier waarschijnlijk geen rol heeft gespeeld bij het ontstaan van SARS-CoV2. De momenteel geprefereerde hypothese is dat het eerder een convergerende en onafhankelijke evolutie is van het RBD-domein in de twee virale lijnen.
Zijn er aanwijzingen die wijzen op andere kandidaten voor de rol van tussengastheer?
E. D. Bij zoönoses worden de tussengastheren over het algemeen aangetroffen bij gekweekte of wilde dieren die in contact staan met populaties. Ondanks zoekopdrachten naar virussen bij diersoorten die op de Wuhan-markt worden verkocht, is er tot op heden geen intermediair virus tussen RaTG13 en SARS-CoV-2 geïdentificeerd. Totdat dit intermediaire virus is geïdentificeerd en de sequentie van het genoom ervan is bepaald, blijft de vraag naar de oorsprong van SARS-CoV-2 onopgelost. Omdat bij gebrek aan overtuigende elementen met betrekking tot het laatste dierlijke tussenproduct vóór menselijke besmetting, suggereren bepaalde auteurs dat dit virus de soortbarrière zou kunnen zijn gepasseerd na een laboratoriumongeval of van synthetische oorsprong zou kunnen zijn.
Denk je dat SARS-CoV-2 uit een laboratorium kwam?
E. D. Deze hypothese kan niet worden uitgesloten, aangezien de SARS-CoV die in 2003 opdook tijdens experimenten minstens vier keer uit laboratoria is gekomen. Bovendien moet worden opgemerkt dat coronavirussen uitgebreid werden bestudeerd in laboratoria dicht bij het opkomstgebied van SARS-CoV-2, die onder meer de mechanismen wilden begrijpen om de soortbarrière te overschrijden. Op dit moment laten analyses op basis van de fylogenie van volledige virusgenomen echter geen definitieve conclusie toe over de evolutionaire oorsprong van SARS-CoV-2.
Er zijn drie hoofdtypen scenario's om uit te leggen hoe SARS-CoV-2 zijn epidemische potentieel heeft verworven. Ten eerste is het een zoönose. Covid-19 is het gevolg van de recente overschrijding van de soortbarrière door het coronavirus. In dit geval moeten we een virus vinden dat dichterbij is dan RaTG13 in een gedomesticeerde of gekweekte soort. Ter herinnering: dit is nog steeds niet het geval.
Tweede scenario: het zou ook een ander coronavirus kunnen zijn dan SARS-CoV of MERS-CoV, dat zich enkele jaren geleden aan mensen zou hebben aangepast, dat tot dusver stilletjes zou hebben gecirculeerd, en dat een recente mutatie meer overdraagbaar zou hebben gemaakt van mens op man. Om dit scenario te ondersteunen, zou het nodig zijn om de virale monsters te kunnen analyseren van mensen die stierven aan atypische longontsteking in het gebied van opkomst vóór het begin van de pandemie.
Ten slotte blijft de mogelijkheid bestaan dat SARS-CoV-2 afstamt van een vleermuisvirus dat door wetenschappers is geïsoleerd tijdens virusverzamelingen en dat zich zou hebben aangepast aan andere soorten tijdens studies met diermodellen in het laboratorium; laboratorium waaruit hij vervolgens per ongeluk ontsnapte.
Zal deze laatste hypothese het samenzweerderige discours over de Covid-19-pandemie niet versterken?
E. D. Het bestuderen van de oorsprong van SARS-CoV-2 is een wetenschappelijke benadering die niet kan worden gelijkgesteld met een complottheorie. Verder sta ik erop dat, totdat de tussengastheer is gevonden, deze hypothese van een toevallige ontsnapping niet kan worden uitgesloten door de wetenschappelijke gemeenschap.
(...)